قانونِ مالیات بر ارزش افزوده فهرستی از کالاها و خدماتِ معاف را مشخص کرده است؛ مشاور باید بینِ دو مفهومِ «معافیت» و «نرخِ صفر» تمایز قائل شود چون اثرِ حسابداری‌شان متفاوت است:
- معافیت: بر فروشِ کالا/خدمتِ معاف، مالیاتی اخذ نمی‌شود؛ اما مالیاتِ پرداخت‌شده بابتِ خریدهایِ مرتبط با آن فعالیت نیز قابلِ استرداد یا کسر نیست (تبدیل به هزینه می‌شود)
- نرخِ صفر (مانندِ صادرات): مالیاتِ فروش صفر است، اما مالیاتِ پرداختی بابتِ خریدهایِ مرتبط با همان فروش قابلِ کسر/استرداد است
از مصادیقِ رایجِ کالاها و خدماتِ معاف می‌توان به برخی محصولاتِ کشاورزیِ فرآوری‌نشده، خدماتِ درمانی، خدماتِ بانکی و اعتباریِ مشخص‌شده در قانون، و کالاها/خدماتِ موردِ استفاده در فعالیتِ اقتصادیِ برخی بنگاه‌های خاص اشاره کرد؛ فهرستِ دقیق و به‌روز باید از مادّه‌های مربوطه‌ی قانون استخراج شود.
نکته: صرفِ «معاف بودنِ فعالیتِ اصلی» شرکت به‌معنایِ معافیتِ همه‌ی فروش‌هایِ آن نیست؛ اگر شرکت هم‌زمان کالا/خدماتِ مشمول هم عرضه کند، باید مالیاتِ ارزشِ افزوده را صرفاً برایِ همان بخشِ مشمول محاسبه و ثبت کند.