اگر مؤدی نسبت به برگِ تشخیصِ مالیات معترض باشد، فرایندِ رسیدگی به اختلاف در چند مرجعِ متوالی طیِ می‌شود:
- هیئتِ حلِ اختلافِ مالیاتیِ بدوی: نخستین مرجعِ رسیدگی به اعتراضِ مؤدی نسبت به برگِ تشخیص
- هیئتِ حلِ اختلافِ تجدیدنظر: در صورتِ عدمِ قبولِ رأیِ بدوی توسطِ هر یک از طرفین
- شورایِ عالیِ مالیاتی: رسیدگی به اعتراض از حیثِ نقضِ قوانین و مقررات یا نقصِ رسیدگی
- دیوانِ عدالتِ اداری: آخرین مرجعِ قضاییِ رسیدگی به شکایات از آرایِ مراجعِ مالیاتی
مشاور باید مهلتِ قانونیِ اعتراض به برگِ تشخیص را به مؤدی گوشزد کند، زیرا عدمِ اعتراض در مهلتِ مقرر، برگِ تشخیص را قطعی می‌کند و راهِ اعتراض را می‌بندد. در تنظیمِ لایحه‌یِ دفاعیه، مستنداتِ حسابداری (دفاتر، صورتحساب‌ها، اسنادِ مثبته) پایه‌یِ اصلیِ دفاع است.
نکته: هدفِ مشاور در این مرحله، صرفاً «بردنِ پرونده» نیست؛ رعایتِ انصاف در طرحِ ایراد به رأیِ صادره و در نظرگرفتنِ مصلحتِ کلانِ رابطه‌یِ مؤدی با سازمانِ مالیاتی (برایِ دوره‌هایِ آتی) نیز بخشی از مسئولیتِ حرفه‌ایِ اوست.