در وارداتِ کالا، مأخذِ مالیات بر ارزش افزوده بر پایه‌یِ «ارزشِ گمرکیِ کالا» تعیین می‌شود که خود از جمعِ اقلامِ زیر به‌دست می‌آید:
| جزء | توضیح |
|---|---|
| قیمتِ خرید (CIF) | بهایِ کالا به‌علاوه‌یِ هزینه‌یِ حمل و بیمه تا مرزِ ورودی |
| حقوقِ ورودی | مجموعِ حقوقِ گمرکی و سودِ بازرگانیِ مندرج در اوراقِ گمرکی |
| سایرِ عوارضِ قانونی | عوارضی که طبقِ قوانینِ گمرکی بر کالایِ وارداتی وضع شده است |
مالیاتِ ارزش افزوده بر رویِ مجموعِ این اجزا محاسبه و همراه با حقوقِ ورودی، پیش از ترخیصِ کالا از گمرک وصول می‌شود؛ در واردِ خدمات (که فیزیکی از گمرک عبور نمی‌کند)، ما‌به‌ازایِ ریالیِ خدمتِ واردشده مبنایِ محاسبه قرار می‌گیرد.
در برخی موارد، کالاهایِ وارده مشمولِ معافیت یا تخفیفِ حقوقِ ورودی هستند (مانندِ معافیتِ مرزنشینان یا مواردِ خاصِ مصوب)؛ مشاور باید پیش از هر اظهارنامه‌یِ گمرکی، وضعیتِ معافیتِ کالایِ موردِ نظر را بررسی کند.
نکته: مالیاتِ ارزش افزوده‌یِ پرداخت‌شده در گمرک برایِ کالایِ وارداتیِ موردِ استفاده در فعالیتِ اقتصادیِ مشمول (مانندِ ماشین‌آلاتِ خطِ تولید)، معمولاً به‌عنوانِ اعتبارِ مالیاتی در اظهارنامه‌یِ دوره قابلِ کسر است؛ فراموش‌کردنِ این کسر، هزینه‌یِ مالیاتیِ غیرِضروری برایِ مؤدی ایجاد می‌کند.