پیش از هر طبقه‌بندی، باید یک نکته روشن شود: در یک موسسه‌ی تولیدی، همه‌ی مخارج «هزینه‌ی تولید» نیستند. مخارجِ اداری، فروش و مالی جدا از بهای تمام‌شده‌ی محصول حساب می‌شوند.
طبقه‌بندیِ طبیعی (بر اساسِ ماهیت)
- هزینه‌ی مواد
- هزینه‌ی دستمزد
- هزینه‌ی خدماتِ خریداری‌شده (مثلِ برق، آب، تعمیرات برون‌سپاری‌شده)
- هزینه‌ی استهلاک
- سایرِ هزینه‌های نقدی و غیرنقدی
این نوع طبقه‌بندی همان چیزی است که در دفترِ کل هم دیده می‌شود — هر هزینه با نامِ طبیعیِ خودش (نه با نقشش در تولید) ثبت می‌شود.
نکته: یک هزینه‌ی واحد — مثلاً «حقوقِ سرکارگر» — هم یک طبقه‌بندیِ طبیعی دارد (دستمزد) و هم یک نقشِ کارکردی (سربار)؛ این دو طبقه‌بندی مکملِ هم‌اند، نه جایگزینِ هم.